互いの未来を賭け、 歴史の分岐点である100年前の日本で戦いを繰り広げる第二次時空越境作戦。 二つの歴史が争い合う中で、 エージェント達の戦闘能力は、ますますの覚醒進化を遂げて行く。 あたかもそれこそが二つの歴史が出会う目的であったかのように。 一方、アノマリー達の侵攻が激化する中、 ついにエージェント達は、アノマリーの侵攻元時空を発見。 人類は、エージェントに新たに三名のオードナーを加え、 ここにアノマリー侵攻作戦を開始した。

天空の最終楽章＜ファイナルストラトス＞、開幕